Generálny sekretariát Európskej komisie zodpovedá za zabezpečenie celkovej konzistentnosti činnosti Komisie – či už pri tvorbe nových politík, alebo pri ich uplatňovaní v ostatných inštitúciách EÚ. Podporuje Komisiu ako celok.

Ďalšou významnou reformou prešla Spoločná poľnohospodárska politika (SPP) v závese príprav nového finančného rámca pre obdobie 2014 – 2020. Prvýkrát bol do tohto procesu zapojený aj Európsky parlament. Revízia SPP nadviazala na predchádzajúce iniciatívy a sústredila sa na ochranu životného prostredia a rozvoj vidieka. 

Vytvorenie spoločnej poľnohospodárskej politiky (SPP) ako súčasť spoločného trhu patrí k najkontroverznejším krokom Spoločenstva. Podstatou dohody o SPP bola od začiatku snaha stimulovať sektor k väčšej produkcii a zvýšenie životného štandardu na vidieku. Jedným z prostriedkov bola regulácia jednotného trhu prostredníctvom cien. Garantované ceny zaisťovali príjmy pre výrobcov a tiež viedli k zvyšovaniu produkcie. Kompenzačná dohoda medzi agrárnymi krajinami a priemyselnými krajinami Európskeho spoločenstva (ES) pomohla rozvoju spoločného trhu. Postupne sa však stala zdrojom konfliktov.